談話会・セミナー

第4回 物理工学科教室談話会 (講師:岡本 祐幸 教授)
2012.10.22

日 時: 2012年10月30日(火)13:30~
場 所: 工学部6号館1階大会議室(103号室) 
講演者: 岡本 祐幸 教授(名古屋大学大学院理学研究科)
題 目: 「蛋白質の折り畳み、変性、リガンド結合の拡張アンサンブルシミュレーション」

概要: 生体系のような多自由度複雑系の計算機シミュレーションでは、系にエネルギー極小状態が無数に存在するために、従来の温度一定のシミュレーションは、それらエネルギー極小状態に留まってしまい、初期条件に強く依存した結果を出してしまうという困難があった。我々は、拡張アンサンブル法と総称される手法を生体系のシミュレーションに適用することを主張してきた。拡張アンサンブル法は、系のパラメータや物理量の酔歩を実現することによって、エネルギー極小状態に留まるのを避ける。本講演では、温度やポテンシャルエネルギー、圧力や体積、リガンドと蛋白質の距離など、様々なパラメータや物理量の酔歩を実現する拡張アンサンブル法を適用することによって、蛋白質の折り畳み、高圧変性、薬剤候補のドッキングシミュレーションなどをおこなった結果について述べる。

紹介教員: 今田正俊・押山淳

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